行政院與在野的民進黨、台聯黨均提出兩岸兩會辦事處的立法版本，
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，仔細比對可以發現，
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，朝野陣營對辦事處的實際功能並無太大歧見，
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，關鍵在兩岸「定位」不同，
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，即主權之爭。
在兩岸定位上，
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，行政院版本強調是「兩岸定位」，
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，此符合馬總統以及現行中華民國憲法、法律的制度規範，雖然辦事處功能的範本，擷取自維也納領事關係公約內涵，但措辭排除會引發國與國疑慮的中性文字。
既非國與國關係，中華民國或中華人民共和國的國旗與國徽為排除爭議不懸掛，並採海基會對海協會模式，讓白手套繼續存在；至於海協能否來台設立機構，權責在主管大陸事務的陸委會，而非外交部。
民進黨與台聯黨的定位是「國與國」關係，故民進黨版本主張要比照「維也納領事關係公約」簽署，理所當然要懸掛國旗與國徽，且為避免執政黨私相授受，更要求需立院許可後，海協會方能設辦事處，多一道審查門檻。
台聯黨版本則因主張協議文本名稱須為「台灣」與「中國」，沒有所謂「地區」二字，既然「兩國」關係已確認，辦事處內涵即是領事關係，比照行政院版即可，且海基會也無存在必要，一年後解散。
也因此朝野對辦事處的功能並無太大歧見，爭議關鍵是最初始的「定位」，亦即辦事處議題在國內仍是場主權之爭，背後是國家認同引發的政策爭議。，