法務部次長陳守煌指出，
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，公務員執行公務時將公款納入自己口袋就是貪汙，
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，沒有私吞就是偽造文書；承辦檢察官會依法偵辦，
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，法務部不涉入。
陳守煌表示，
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，是否構成貪汙罪，
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，是以犯罪行為的態樣做區分，
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，與適用「科技基本法」或「政府採購法」無關；檢察官根據公款是否進入執行公務之人的口袋來決定構成貪汙或偽造文書罪，沒有統一見解的問題。
一名檢察官指出，他舉基隆關稅局前副局長張良章為例，張與報關業者到酒店作樂，但查無對價關係，雖然被控貪汙，仍依罪嫌不足處分不起訴。檢察官說，被指控貪汙也有機會獲緩起訴或不起訴。
另名檢察官說，真要替這些教授解套，只能透過修法；如果一開始認為制度有問題，早該跟國科會等補助單位爭執，事後不實核銷就是違法。
但有法界人士認為，這些教授充其量只能算是詐欺、偽造文書，因為他們不見得具有公務員身分，不能依貪汙罪論處；檢察機關應與各單位討論出具體方向，讓國科會等機關未來補助研究時訂一些「彈性空間項目」，讓學界不必為了按照核銷流程而不得不使用不實單據。，