軍檢認定洪仲丘之死是戒護士陳毅勳一人凌虐所致，
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，對他求刑最重，
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，被外界批為「小兵扛罪」。但司法官卻有不同看法，
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，認為陳毅勳只是操練嚴苛，
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，並未對洪仲丘施以單獨操罰，
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，很難構成「凌虐致死」罪，而可能是觸犯「業務過失」致死。
這樣的認定落差，和外界的預期恐怕相去甚遠。洪仲丘案因各界不相信「軍法」，因而要求司法介入調查，希望徹底還原真相。然而，多位檢察官看這次軍檢的起訴，卻普遍有「果然軍法較嚴」、「軍方夠狠」的感覺；法界人士甚至認為，若全案移轉司法審理，被起訴的官兵不少人可能會判「無罪」。
如此一來，司法與軍法之尺的落差，便形成了洪家人尋求司法介入必須思考的兩難。就調查偵訊而言，司法比軍法透明客觀，軍方難以一手遮天；但就審判結果而言，軍法用法量刑顯比司法森嚴，軍法從重認定的罪行，在司法可能視為是羅織。在這種情況下，若洪家人想要的是「真相」，那就不妨繼續訴諸司法途徑，窮究到底；但如果想要的是「懲凶」，那麼軍法可能要較司法更能符合其意。
可以想像，在社會、政治各方的壓力下，軍檢迅速提出十八人的起訴名單，無非是企圖藉此降低風波紛擾，故而採取「從重認定」之策略。也因此，從司法的眼光看，便覺得過嚴。但這也埋下一個風險：萬一最後審判結果，許多人果真未定罪，會不會又引發一波抗議，認為軍方偵辦、起訴都在演戲？
無論如何，從最初軍方企圖以兩波懲處打發此事，走到今天軍法偵結的地步，司法確實對軍法構成了競合作用。這點，也算洪仲丘案意外的一課了。，