從兩岸密使到駐陸代表，
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，兩岸聯繫制度走過廿年風風雨雨。海基會設立北京代表處，
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，牽動的不只是海基會的組織轉變，
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，也是兩岸決策機構的權力結構大重組。兩岸事務決策者除了總統、陸委會主委，
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，未來還將增加一位「駐陸代表」。
兩岸決策高層指出，
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，兩岸互設辦事處的主要目標就是「和平發展」，設愈多駐點，有愈多聯繫管道，愈有利和平發展，而辦事處的工作主要有二：除了「服務」之外，另一個重點是「聯繫」，也就是與大陸官方聯繫，這就是「駐陸代表」扮演的角色。
駐陸代表這位堪稱大使級的人物，將可能取代海基會董事長的象徵職位。當兩岸關係面臨爭議，駐陸代表首當其衝。一位熟悉兩岸事務的人士說：「全球兩強是美國與中國大陸，駐美代表是馬英九的親信金溥聰，駐陸代表的重要性可想而知。」
根據規畫，我方派駐大陸的最高代表是「次長級」，也就是簡任十四職等的文官長，而大陸方面主要規畫是「副部級」，但兩岸雙方仍在磋商中。
不過，海基會前秘書長邱進益認為，兩岸互設辦事處是兩岸關係「制度化」重要一步，建立長期溝通管道可避免誤判，未來駐北京代表就是中華民國的「政府代表」，不能自我限縮為「機構代表」，層級應比現在規畫的次長更高。
他認為，面對未來兩岸逐漸無法避免的敏感性議題，將來的海基會駐陸代表應該慎選具聲望、了解兩岸事務背景且具國際談判經驗的人才擔任。
他指出，兩岸關係相當特殊，駐陸代表層級愈高，與大陸對口層級也會愈高，雙方能討論範圍也會愈大；他建議，在日後兩會商談過程中，政府應提高與大陸對話層級，先有高層次人士與大陸討論，最後再交由兩會完成正式程序。
美國里奇蒙大學政治系教授王維正從談判學的角度分析，兩岸互設辦事處愈正式，對口層級愈高，愈能彰顯雙方公權力的行使，有別於財團法人或白手套的角色，這對台灣方面「最有用」，也最可展現兩岸關係正常化的決心，相互承諾兩岸發展不會「逆轉」的決心。，