馬王政爭演變成兩院衝突。台灣師範大學政治系教授曲兆祥受訪時表示，
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，兩院僵局的問題本質是馬王間的政治衝突，
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，故應以協商或第三者調停的方式解決。成大政治系教授梁文韜認為，
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，立法委員有權杯葛議事，
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，目前危機雖然難以解套，
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，日後應可緩解；台大政治系教授張亞中則說，
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，可依循憲政途徑解決，即立法委員提出對行政院長的「不信任案」，以訴諸民意的方式來決定對馬王的支持度。
台大教授張亞中指出，政治不應干預司法，司法也不應干預政黨的「價值選擇」，所以應該回歸憲政途徑解決。現在立法院長王金平身陷司法案件，他可以選擇請假迴避爭議，而行政院長江宜樺也可以不出席以表示對立法院長正當性的質疑。
張亞中表示，立法委員可以提出對行政院長的「不信任案」，如果不信任案沒通過，代表民意站在行政院長這一邊，這時立法院長就應該請假，讓副院長代理。「若是不信任案被通過，則代表民意站在立法院長那一邊。」張亞中說，這時球則回到總統身上，總統可以選擇解散國會，或是重新指派新的行政院長，不過後者的可能性很低，因為這等同於自打嘴巴，認為王金平是對的。
「解鈴還需繫鈴人，如要解決當前立法院和行政院的僵局，還是得回歸到馬王兩人身上。」台師大政治系教授曲兆祥認為，最佳的解決方法，就是馬王兩人能夠協商，或是透過第三者調解。曲兆祥表示，目前發生的衝突不算憲政「僵局」，只是「難題」，問題的嚴重性並沒有高到一定要用憲法途徑才能解決，因為解散國會、重新選舉可能付出高額的社會成本。
成大政治系教授梁文韜則指出，事情演變至此已不單只是憲政問題，而是司法部門已經無法取信於民，監聽的正當性令人質疑。他認為，此僵局短期難以解套，因為雙方各持己見。
「在西方民主國家，立法機關的位階高於行政和司法之上，如同英國的國會。」梁文韜說，立法院是民主體制的最高機構，立法委員有權杯葛議事，但是要基於正常且合理的理由，而且是協商、妥協不成後的最後選擇。
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