北、高及各縣市政府健保費欠款獲解決後，
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，衛生署、內政部躍升為健保欠款大戶，
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，累計欠費逾七十億元。健保局決硬著頭皮向自己的「老闆」衛生署要錢，
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，不排除祭出「移送行政執行」或「停止代辦」的雷霆手段。
健保局官員表示，
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，同樣是政府機關，
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，北、高兩市欠款都有算利息，
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，甚至還移送行政執行，若中央部會欠款都不用付利息，易讓外界批評「兩套標準」。特別是同屬衛生署轄下的疾病管制局、國民健康局也各積欠二、三十億元的「委託代辦費」，內政部積欠十六億元，卻從未付過利息，讓健保局決定「親兄弟、明算帳」。
健保局副局長蔡魯表示，委託代辦費即如愛滋病治療、肺結核防治、性病篩檢等費用，都應由疾管局編列預算支付，但由健保局委託特約醫療院所執行，因此所需費用也都由健保局先代墊。
同樣的，國健局委託健保局執行的孕婦產檢、兒童及成人健檢，及內政部補助低收入住院膳食費，與三歲以下兒童門住診免部分負擔，也都由健保局先墊支給醫院。
這些健保局墊支的代辦費，從未獲償還，而且一年欠過一年。健保局長黃三桂日前在局務會報中，即指示評估「移送行政執行」或「停止代辦」的可行性。
台聯立院黨團副總召林世嘉批評，衛生署和內政部不編足委託健保局代辦的預算，等於「慷全民之慨」；健保醫療支出一直都捉襟見肘，「如果衛生署只想向民眾多拿保費，卻連自己都欠健保的錢，更是帶頭違法」。
衛生署公關室主任王哲超指出，當初健保局對北、高兩市移送行政執行，是為了確保債權；至於衛生署和內政部積欠健保代辦費用，是因政府財政困窘，加上立法院每年核刪預算，以致撥補不足。，