防空飛彈部隊曾由陸軍轄管，
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，後來隨著指揮權在陸軍與空軍編制之間來來去去，
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，兩種截然不同的軍風，
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，造成飛彈部隊不少內耗與對立。現在國防部整併防空飛彈部隊，
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，將指揮權又交給空軍，
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，固然有打、裝、編、訓的考量，
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，但隨之而來的軍種文化摩擦，
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，如果沒有妥善因應，很可能為部隊管理帶來潛在的傷害。
防空飛彈部隊近年頻繁整編，從陸軍移編到空軍後，空軍防砲兵科擔任飛彈營主官，常遭陸軍人馬爭議。當年陸軍飛彈併入空軍後，空軍認為許多陸軍飛彈主官軍中學資不足，久任一職，將陸階主官調任參謀，提供進修空間，選調學經歷齊全的空軍防砲軍官接任主官。但看在陸軍眼中，明擺排擠陸軍人馬。雙方累積矛盾，心結愈深。
國防部高層巡視防空飛彈部隊時，以不適任為由，當場拔掉防砲兵科的營長，換上陸軍飛彈兵科出任。當時國防部將中長程防空飛彈部隊的指揮權，由空軍防空砲兵指揮部，移回國防部參謀本部飛彈指揮部。
當時經此調整，又經國軍精粹案，空軍防砲兵力相形單薄。
防空飛彈整併回空軍，有簡化指揮層級的考量。只是不同作風的軍種，共處一室如何能夠同心，將是國軍推動兵力整併時另一項重要課題。，