柯文哲堅持以無黨籍參選市長，
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，也公開宣示當選後不會加入任何政黨，
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，是否擔心府會關係重演當年陳水扁時的緊張關係，
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，柯文哲信心滿滿表示不擔心。
他舉日本為例，
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，不論是大阪市長橋下徹，
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，或近10多年來的東京都知事，選舉期間都是以無黨身分獲勝，上任後也沒有政策推不動的問題。
柯文哲說，依他到日本考察的了解，任何議案一開始都會邀請各黨幹事長、政調會長及總務會長3個主要人物溝通，不會沒經過溝通就送進議會。
如果不同政黨有對立情形，那就是政黨間在政治上的衝突，但他是要直接對市民負責，且他個人也沒有明顯的意識形態，所以沒有理由為對立而對立，這也是讓台北市脫離兩極對立的契機。
柯文哲強調，當選以後，個人在任內不會加入任何政黨，他也要求一級政務首長全部退出政黨，「要讓台灣有一個機會，留下一片淨土、一絲生機，至少有個地區暫時躲避藍綠互鬥的泥淖。」
對外傳他要自己組黨，柯文哲表示不會，他說，這個國家最不會欠缺的「就是謠言」。，